Kurs odbywać się będzie w formie stacjonarnej.

Cele kursu

Celem kursu jest przekazanie wiedzy dotyczącej podstawowych technik laboratoryjnych stosowanych w analizie DNA, takich jak: izolacja DNA z różnego typu materiału biologicznego, analiza DNA metodami PCR, wysoko- i niskonapięciowa elektroforeza DNA, znakowanie kwasów nukleinowych oraz sekwencjonowanie metodą Sangera. W prosty i przystępny sposób zostaną również przedstawione zagadnienia związane z konserwacją materiału biologicznego przeznaczonego do analiz DNA, oznaczeniem ilościowym i jakościowym DNA, różnymi wariantami PCR, sekwencjonowaniem DNA metodami nowej generacji oraz bioinformatyczną analizą danych.

Tematyka kursu

W ramach kursu zostaną przedstawione następujące zagadnienia:

• Metody izolacji DNA i konserwacji materiału biologicznego
• Elektroforetyczny rozdział DNA w żelach agarozowych, ocena jakości i pomiar stężenia DNA
• Amplifikacja DNA metodą PCR: projektowanie starterów, warunki reakcji, odmiany PCR
• Elektroforetyczny rozdział DNA w żelach poliakrylamidowych, ze szczególnym uwzględnieniem elektroforezy kapilarnej
• Sekwencjonowanie DNA metodą Sangera oraz podstawy wybranych metod sekwencjonowania nowej generacji (NGS)
• Analiza wyników elektroforezy kapilarnej i sekwencjonowania DNA

Efekty uczenia się

Uczestnik po zakończeniu zajęć:

• Wie jak zabezpieczyć materiał biologiczny do analiz DNA, wyizolować DNA z różnego typu materiału biologicznego, scharakteryzować wyizolowany preparat pod względem jakościowym i ilościowym posługując się technikami spektrofotometrycznymi i elektroforetycznymi
• Potrafi zaprojektować startery do reakcji PCR, zamplifikować DNA za pomocą metody PCR i zinterpretować uzyskane rezultaty
• Wie jak przygotować matrycę DNA i przeprowadzić jej sekwencjonowanie metodą Sangera, rozdzielić produkty sekwencjonowania w automatycznym sekwenatorze i zinterpretować wynik sekwencjonowania
• Potrafi rozdzielić znakowane fluorescencyjnie fragmenty DNA za pomocą elektroforezy kapilarnej i zinterpretować uzyskane rezultaty

Metody pracy

Wstęp teoretyczny (ok. 30 min; wykład z prezentacją multimedialną wybranych zagadnień) oraz ćwiczenia praktyczne (ok. 3h; zajęcia laboratoryjne/komputerowe).